통칭 특수. 경찰과 별도의 수사행정조직으로 경찰이 행자부 소속으로 되어있는 것에 비해 특수의 경우 국방부 장관과 국회 양쪽의 재가를 모두 받아야하는 번거로운 형태를 취하고 있다.
명목상의 청장은 국방부 장관이 겸직을 하고있고 실질적인 업무와 운영은 소장급의 부청장이 한다. 또한 소속이 일반 행정부가 아닌 국방부로 되어있는데 이는 준군사조직이며 유사시엔 정규작전과 비정규작전에 동원되는 이들의 특성상 그렇다.

이런 연유로 조직 내에 현역군인 신분으로 파견을 나온 인물과 민간인이 뒤섞여있다

• 국회 - 명목상의 조직 상으로는 국회의 하부에 속하여 있기 때문에 타 국가에서는 내무군 또는 국가헌병대 정도로 분류한다. 실제로 유사시엔 국회의장의 명령만으로 움직이는게 가능하기 때문에 이 시기 한국의 불안한 정국에서 국회의 독립성을 보장해주기도 한다.
  
  • 특별안전수사청장 - 국방부장관 겸임. 이 때문에 내무군으로 분류해야할지 국가헌병대로 분류해야할지 착오를 일으키는 군사전문가들이 있었다. 실제론 국회의 통제보단 국방부, 그것도 비선을 통한 내부조직의 연락에 의해 움직이는 경우가 많기 때문에 특무대와 같은 친위대로 보는게 맞을 것이다.
    
  • 부청장 - 소장 혹은 그에 준하는 인물
    
    • 작전국
      
      • 집행부
        
        • 집행 1~3중대
          
    • 수사국
      
      • 수사 1과 - 초상범죄대책과
        
      • 수사 2과 - 공안범죄과
        
      • 수사 3과 - 마약, 총화기 등 특수범죄과
        
    • 정보국
      
      • 내사과
        
      • 외사과
        
      • 과학과
        
    • 행정국
      

최선임 국장. 작전입안과 통제 등의 특수의 핵심적인 역할을 담당한다. 작전국의 밑엔 집행부가 있어서 실질적인 병력이 필요한 경우 이를 동원하기도 한다.
특성상 데스크업무가 많으나 다른 여느 부서와 마찬가지로 수는 적기 때문에 업무 과중이 많다.

특수의 실질적인 병력.
타 부서와 다르게 전원 군적을 유지중인 현직군인들로 통작 예하 강습사나 전술사 인원들을 빼와서 훈련시킨다. 때문에 전투력은 정평이 나있다.
100명 정도로 이루어진 중대편제를 유지하고 있다.

각 중대별로 번호와 동일한 수사과에 대응하는 훈련을 기본으로 하고 있으나 타 수사과의 업무지원을 못 하는건 아니다.

국장급 중 서열 2위. 특수에서 가장 비중이 높은 곳으로 일선 수사를 담당한다. 특수에서는 경찰이나 군대와 같은 계급을 사용하지 않기 때문에 간부진을 제외한 수사진은 전원 요원이라고만 불린다.
개개인이 집행부 병사들 하나정도는 가볍게 제압할 수 있을 정도의 호신능력은 필수이며 특히나 1과의 경우 초상범죄를 다루기 때문에 국가검정 2급 이상의 면허를 보유하고 있다.

특이한건 1과와 2과의 관계로 같은 소속임에도 불구하고 상당히 으르렁대는 사이이다. 그에 반해 1과와 3과, 2과와 3과는 괜찮은 편.

내사과는 내부비위에 대한 감찰과 정보체계의 무결성을 확인하며 외사과는 타조직이나 반정부조직의 정보망을 염탐한다. 과학과의 경우 검증, 부검 등을 수행한다.

보도, 행정, 인사 등을 담당하는 부서. 이쪽은 또 정보국과 으르렁대는 사이다. 특수에서 가장 외향적인 곳으로 때문에 보도과 쪽의 힘이 강력한 편이다.

일선 경찰과 다르게 총화기에 의한 무장은 선호하지 않으나 일선 수사요원이 아닌 특수 소속의 기동대는 G38BP[1]와 K11A3, 장갑차와 장갑복 등 최고의 장비를 지급받는다. 무장기준은 시가전 및 특수전 대응을 기준으로 한다.

수사 요원은 초상학을 주로 사용하기 때문에 주로 익스클레이브와 냉병기 혹은 자기용으로 어레인지 된 화기들을 사용한다.

• 내란 및 외환, 외교범죄[2]
  
• 공안, 공무, 살인, 불법무기(폭발물 관련법과 총도법이 합쳐진 법)에 관한 범죄[3]
  
• 초상학 범죄
  
• 위 외에 공무 상 접수 된 수사요청에 따른 범죄, 현행범
  
  

위와 같은 형법 중 형량이 높다고 할 수 있는 이른바 강력범죄와 국가범죄에 대해서 수사 및 기소권을 가지고 있다.

권한쪽을 보면 불안정한 시기에 역시나 초법적인 형태를 빌어서 생긴 조직인지라 더더욱 막대하다.

검찰이 독점해왔던 기소권을 가지고 있으며[4] 치안조직간 정보권한에 있어서 최상위 권한을 항상 차지하는데다, 각종 장비 또한 청구하는데로 나오는 수준.
거기다 요원들의 경우 필요에 따르면 가택조사권, 즉석영장발부, 현행범의 경우 현장 판단에 다른 즉결심판 등의 초법적이고 반민주적인 권한 또한 가지고 있어서 매번 말썽이다.

정보보안청[5], 중앙경찰청 공안과, 중앙경찰청 및 지방경찰청 특수과[6], 특별검찰[7], 정보사와 함께 치안유지를 목적으로 한 수사권을 가지고 있으며 상기한 조직과는 라이벌이라고 할 수 있다.

특히 보안청과 공안과와의 사이는 최악이라고 할 수 있을 정도로 무장허가를 받지 못하는 보안청과 기소권을 가지 못한 공안과와는 늘쌍 으르렁 댄다.

가관인건 시국범죄, 정치범, 초상학 범죄 및 국내방첩. 위 4개 부분에 대해서는 가장 우선하는 수사권을 가지고 있어 타 조직으로부터 수사권을 뺏거나 자료요청으로 물의를 빚는다. 애초부터 타 조직과 설립 과정이나 성격이 다르다보니 타 조직을 깔보기 일수인데다 친하게 지내려고 하는 척도 안하는 지라 뒷담 들기가 일쑤이다.

그나마 특수과나 특별검찰, 정보사의 경우는 현장에선 데면데면하거나 업무교환이 원활히 이루어지는 경우가 적지 않다. 특수과의 경우 생활범죄나 민생범죄를 위주로 하다보니 강력범죄 대응 능력이 모자라서 강력한 초상범죄자가 나타나면 곧바로 업무전담을 하기 마련이고 특검은 역시나 정치적인 조직이다보니 의외로 정치적인 부분과는 연관이 모자란 특수와는 마찰이 적다. 다만 이쪽도 시국범죄를 이용하는 부분이 되면 마찰이 있기 마련. 정보사는 뿌리가 같다보니 친하긴 하지만 이쪽은 서로 간에 비슷한 업무를 담당하는 경우가 많다보니 서로 자기 관할이라고 으르렁대는 경우가 많다.

전신이라 할 조직은 없지만 샤크단을 비롯한 국내 초상학 범죄를 우선적으로 대처하기 위해 만들어졌다보니 통작 전술사에서 전속된 인원들이 많아 이쪽과는 상대적으로 사이가 괜찮다.

항상 인력부족으로 고생하고 있으며 놀랍게도 행정부서이면서도 준군사조직인지라 전술사나 강습사의 특수부대와 동일한 수준의 무장을 갖추고 있다.

보안청이나 공안과가 일반 시민으로부터 악명 높은데 반해서 이쪽은 일반시민보다는 반정부조직 사이에서만 이름이 도는 수준. 인력부족이다보니 실제 작전은 일선 경찰에 맞기는 경우도 많고 각종 장비를 통해서 보안유지를 철저히 하는 것도 한 몫하기 때문.

이중적인 책임구조와 원대의 성격상 아인의 영향력을 강하게 받는다. 아인이 실질적인 직함을 내려온 뒤에도 여러군데에 힘을 행사하는데는 특수가 큰 힘을 발휘하며 아인의 사병에 가깝다고 볼 수도 있다.
장비의 경우도 아인의 사비가 들어간 경우가 많으며 특히나 보안법에 의해서 집행이 비공개로 되어있는지라 세천회를 통해서 맞춤총기나 법 이상의 중화기 등을 갖추는 경우가 많다.